內生孢子(英文:Endospore,又叫做芽孢)係厚壁菌門入面嘅細菌造嘅特殊休眠體,可以造到呢種休眠體嘅細菌主要係芽孢桿菌屬(英文:Bacillus)同埋梭菌屬(英文:Clostridium)。喺環境唔啱呢啲細菌生嘅時候,佢哋就會造呢啲休眠體出嚟,呢啲休眠體會喺細菌生得到嘅環境裡面變返做原本未休眠嘅樣。紫外線、脫水、高溫、超低溫同埋一般消毒用嘅化學嘢都係好難殺得到佢哋,多數都係用高壓消毒法先至可以殺到內生孢子。