清朝下轄九府、三直隸廳、七直隸州，共計四州、一廳、七十九縣：
- 韶州府
- 南雄直隸州，原為南雄府，1807年，改為南雄直隸州。
- 連州直隸州，1729年，改廣州府連州為連州直隸州，1816年，所屬連山縣為連山直隸廳。
- 連山直隸廳，1816年，改連州直隸州連山縣為連山直隸廳。
- 惠州府
- 潮州府
- 嘉應直隸州，1733年，設嘉應直隸州，1807年，升為嘉應府，1812年改為嘉應直隸州
- 下轄：程鄉縣（原屬潮州府，1733年裁撤，1807年—1812年設，附郭）、興寧縣（由惠州府劃歸）、長樂縣（由惠州府劃歸）、平遠縣（由潮州府劃歸）、鎮平縣（由潮州府劃歸）。
- 高州府
- 雷州府
- 陽江直隸州，1867年改肇慶府陽江縣設，下轄恩平縣、陽春縣、開平縣三縣，1870年改為直隸廳，三縣回屬肇慶。1906年，改為直隸州，下轄恩平縣、陽春縣二縣，1910年，恩平縣回屬肇慶。
- 瓊州府
- 崖州直隸州，1905年改瓊州府崖州設
- 下轄：昌化縣（原屬儋州，1730年代改屬瓊州府，1905年改屬崖州直隸州）、萬縣（1905年萬州改為萬縣）、陵水縣（原屬萬州，1730年代改屬瓊州府，1905年改屬崖州直隸州）、感恩縣（原屬崖州，1730年代改屬瓊州府，1905年改屬崖州直隸州）。
